Você pode usar os métodos load_data e save_data pra carregar as switches (imagino que elas fiquem no RPG::System no System.rvdata2).
Ex.:
system = load_data("Data/System.rvdata2")
system.switches[42] = true
save_data("Data/System.rvdata2", system)Não tenho o maker pra testar agora, você pode ver a documentação dos métodos e do RPG::System no arquivo de ajuda do maker.