Então, o sistema de batalha padrão do MV não é poderoso o suficiente pra fazer isso, no entanto existe plugins que irão ajudar com isso.
Segue o link com os plugins que você vai precisar(Clique com o botão direito sobre o link e selecione "Salvar link como"):
BattleEngineCore
http://yanfly.moe/plugins/pt/YEP_BattleEngineCore.jsActionSequencePack2
http://yanfly.moe/plugins/pt/YEP_X_ActSeqPack2.jsCom esses dois plugins ativados você pode fazer uma sequência de batalha com o comando "opacity user: 0%, 1", que fará com que o usuário desapareça antes da animação da skill ser lançada.
Se quiser veja minha skill de exemplo e faça igual:
http://i.imgur.com/DHg5MVK.pngAcho que posso ter sido meio vago com essa explicação, mas basicamente isso vai fazer o que você queria de fazer o usuário desaparecer.
Qualquer coisa dê uma olhada nas instruções dos plugins pra entender melhor e fazer suas próprias sequências avançadas.
Boa sorte.