Não estou em casa agora, então não posso ver em detalhes certinhos para ti, mas:
A classe que cuida de interpretação de eventos no MV é a Game_Interpreter.
Uma das propriedadades dela é _comments, que armazena uma array com todos comentários.
Os comentários são adicionados para essa array em sequencia, conforme são encontrados durante a interpretação do script (acredito, portanto, que um comentário dentro de um branch que não foi atingido nem será lido também, por exemplo).
Tenta abrir o rpg_objects.js e dar um Ctrl+f por "_comments" para ver mais de perto como funciona.
Para um teste simples, crie um Evento, adicione algumas coisas neles e inclua algumas comentários, e no final do evento mande ele executar o seguinte código:console.log(this._comments);Aí fique de olho no console quando for testar.
