Os dois juntos! \ o /
Zelda ta ai pra isso.

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Prefiro uma história épica e bem trabalhada...

Sei não, viu...
São tantos tópicos com este tipo de assunto "melhor x ou y?"...
Parece que o pessoal quer fazer jogo meia boca. Só se esforçar em uma coisa, e já era.
Capricha nisso aí, rapaz!
É óbvio que é melhor um jogo com gráficos lindos e história marcante.

Como já dito pelos amigos acima, tanto a história quanto os gráficos utilizados são importantes.
Não é necessário fazer gráficos de última geração, dependendo do jogo até mesmo gráficos de GBC podem ficar agradáveis se bem utilizados.
Os elementos devem estar em harmonia quando for produzir um jogo. Basta não se preocupar muito com isso. Faça algo que você goste e depois veja o que as pessoas acham disso. É assim que funciona na maioria das vezes.

Pra mim essa pergunta é tipo "Você quer sorvete de baunilha ou de chocolate pra sobremesa?"
A resposta pode ser "Prefiro um sabor ao outro", "Ué, por que não os dois?", "Prefiro Morango" e talvez "Tenho intolerância à lactose."

Primeira, analisando as duas opções:
Gráficos lindos e realistas: Gráficos lindos e gráficos realistas são duas coisas diferentes, e um não depende do outro. Gráficos realistas podem arruinar um jogo e gráficos lindos podem estar em uma infinidade de estilos diferentes. "Gráficos" por si só é um termo muito amplo e muitas vezes utilizado de forma equivocada.
A coisa de gráficos "lindos" x "realistas" talvez até pudesse representar "direção de arte" x "qualidade de reprodução gráfica", que são qualidades bem diferentes mas ambos formam o que chamamos de "gráficos" em um jogo.

História épica e marcante: Novamente, duas coisas independentes. A história pode ser marcante sem ser épica, ou épica sem ser marcante.

Mas bem, tanto "História" quando "Gráficos" tem um valor importante em comum: ambos são elementos chave que criam a identidade e imersão do jogo. A história é a referência conceitual do que o jogo se trata, onde se passa, quem são os personagens, qual é o contexto. Os gráficos são a referência visual e a representação "física" do jogo. Mas na verdade não é tão simples assim, e essa questão toda desconsidera fatores como o áudio que é tão importante quanto os dois, e o próprio gameplay que também influencia na experiência toda.

O que quero dizer é que essa é uma questão muito relativa e bem complicada, e há muitas coisas pra se considerar sem um contexto específico, que o tópico não apresenta. Gráficos ou História, mas baseado em quê?

Se fosse pra tentar interpretar o tópico de forma simplificada e dar um contexto pra questão, talvez eu chegaria a essa questão:
"Em um jogo convencional de RPG, especialmente um jogo de RPG Maker, o que acaba sendo mais importante para o sucesso? Um enredo cativante ou uma ambientação envolvente?"

Pra essa pergunta, minha resposta seria: ambos.
Um jogo de RM sem uma premissa interessante (que se origina no enredo) não vai chamar muita atenção e dificilmente vai ser prazeroso de se jogar. Você precisa de um ponto de interesse pra poder investir seu tempo no jogo, e ele precisa te oferecer alguma coisa interessante. E geralmente, em jogos de RM (e até mesmo em RPGs no geral), só gameplay sozinho não é capaz de prender alguém ao jogo. RPGs precisam de personagens, cenários e histórias.

E é claro, um jogo precisa ser envolvente e imersivo, pois isso é uma característica da mídia e o que difere de muitas outras. A imersão pode ficar por conta de várias coisas (até mesmo só com o gameplay, como em Tetris), mas em um RPG a imersão visual/artística é essencial. Você precisa ter algo legal pra olhar, pra explorar e pra poder fantasiar a respeito. Personagens e cenários de aparência genérica são desinteressantes e não vão prender alguém por muito tempo.

Não precisa ser épico, não precisa ser realista - basta ser interessante e cativante de alguma forma.

No fim das contas, um jogo precisa ser divertido e imersivo. Se o jogo consegue se manter divertido e imersivo só com história, só com ambientação ou só com gameplay, é o que conta. De resto, só depende de qual é o seu objetivo fazendo esse jogo.

Gráficos são importantes mas um enredo faz você querer repetir o jogo muitas e muitas vezes.

Não sou contra projetos complexos (desde que não seja complexos demais como por exemplo jogos como The Wichter que possui itens demais e você é obrigado a fazer misturas demais, excesso de recursos nem sempre é bom).

Mas voltando ao tema, tem jogos com gráficos pebas mas uma boa história (que pode ser simples e clichê eu não me importo com isso) enquanto por outro lado games ultra modernos que são uma porcaria no roteiro, principalmente jogos que simulem a Roma Antiga.

Tem um jogo que simula Roma que ele tem um comando de voz para os soldados fazerem uma ação (o game se chama Ryse alguma coisa). Acho isso bom mas uma falta de respeito também.

Falta de Respeito como assim? Resposta: Vou fazer um jogo que um jogador mudo não pode jogar por causa da sua deficiência. Resident Evil 3 é um jogo que gosto muito mas o Puzzle da torre do relógio quem é surdo não pode passar de etapa sem ajuda. (falo isso porque tenho um amigo surdo e mudo).

Seja como for todo jogo tem que ter legendas ainda que sejam dublados (admiro muito nossa dublagem por sinal).