Hmm, se não muito me engano, o RPG Maker MV não tem esse controle da mesma forma que o VXAce.
Pelo menos, fuçando os scripts não achei algo referente a camadas. mas como você está usando um comando de manipulação de imagem similar ao do evento. Você poderia usar um comando similar para manipular essa imagem.
no caso, o:
$gameScreen.movePicture(pictureId, origin, x, y, scaleX, scaleY, opacity, blendMode, duration);Bom, tudo que ele "pede", você pode recuperar da imagem.
No caso, você pode usar a Opacidade para dar a impressão de camadas. Não sei se vai resolver o seu problema, mas é o mais próximo do que você quer, que eu pensei.
Obs.: Se não me engano, a opacidade são valores de 0 a 255.
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