Tu pode ter 3 variáveis (timer1, timer2 e timer3), setadas com o valor inicial de cada cronômetro.
No update da Scene tu coloca pra diminuir 1 (ou o valor que quiser) em cada uma delas, e faz um
método/função que apague todo conteúdo da janela e reescreva-o.
Quando for escrever o texto do tempo, faça uma função que converta um valor (100000 por exemplo),
em formato de tempo (27 min: 46 seg: 40 frames).