Quase isso, mas não.
Os sinais =, +, -, * e / são usados para fazer operações, enquanto os ==, !=, >=, <=, > e < são usados para fazer conparações entre valores.
Exemplo para operações:
x + y #A soma do valor de X com o valor de Y
x - y #A subtração do valor de X com o valor de Y
x * y #A multiplicação do valor de X com o valor de Y
x / y #A divisão do valor de X com o valor de YExemplo para comparações:
se x == y #Se o valor de X for igual o valor de Y
se x != y #Se o valor de X for diferente que o valor de Y
se x >= y #Se o valor de X for maior ou igual ao valor de Y
se x <= y #Se o valor de X for menor ou igual ao valor de Y
se x > y #Se o valor de X for maior que o valor de Y
se x < y #Se o valor de X for menor que o valor de Y
No caso, da forma como você escreveu, você estaria fazendo uma operação com os dois valores fornecidos ($game_map.events[1].y e $game_map.events[4].y).
Basta seguir o exemplo acima que não haverá erro.
Exemplo de aplicação em uma condição (por evento):
$game_map.events[1].y == $game_map.events[4].y #A condição só prosseguirá se os valores forem iguais.