Na pasta de teu projeto tu tem a pasta nomeada "js", e dentro desta, os plugins rpg_scenes e rpg_windows. O primeiro é responsável pelas telas (de menu, de título, de itens, etc.) e o segundo, pelas janelas. Para modificar as telas, tu altera o rpg_scenes, porém, provavelmente tu irá querer alterar também o conteúdo das janelas, e não só sua organização, daí tu vai no rpg_windows. Essa é a maneira para você próprio alterar, mas lembre-se que é necessário ter conhecimento em Javascript.
Ou tu pode procurar plugins prontos que façam ou permitam as alterações que tu deseja. Assim, basta adicioná-los ao projeto e configurá-los como desejar. Tu também pode programar plugins ao invés de alterá-los, essa opção é melhor pois, em atualizações do programa, você tem de substituir os arquivos originais, perdendo assim alterações feitas neles.
