Os chars do MV funcionam perfeitamente no VXAce, embora por serem em 48x48px o tile, eles serão bem maiores que a grid do VXAce que é 32x32px o tile. O maker aceita chars de qualquer tamanho desde que eles possuam proporções que se dividam em 3 na horizontal e 4 na vertical (12 e 8 respectivamente para os templates com 8 chars).
Já os tiles realmente não tem escapatória, é preciso convertê-los para as dimensões do VXAce. O mesmo vale para os chars que certamente você irá querer deixar em um tamanho que corresponda a grid da engine.
Fazer a conversão pode soar um pouco trabalhoso, porém como as duas grids são proporcionais, de 48x48 para 32x32, você pode fazer a conversão apenas alterando a largura e altura das imagens para as do VXAce, sem necessariamente ser preciso reenquadrar as imagens na grid.
Se tu tiver o Photoshop, o recurso
Image > Image Size dá conta do recado sem problemas, só tu prestar atenção na interpolação da imagem, que se estiver como
nearest neighbor irá deixar as imagens pixeladas após a conversão de tamanho e isso causará um efeito bem estranho nesses recursos em específico.
Um tempo atrás fiz a conversão, aqui uma imagem demonstrando como os recursos ficarão após convertidos:
