O objetivo disso é encriptar e não comprimir, esse arquivo não vai reduzir tamanho de nada, ele vai juntar tudo em um arquivo só encriptado para ninguem abri lo e editá-lo.
Se vc quer comprimir suas imagens vai ter que fazer manualmente, reduzindo o tamanho delas, e não comprimindo como um winrar.
Pra fazer isso tem que marcar a opção encriptar na hora de gerar o o game, lá na opção primaria do maker.
É possivel reduzir o tamanho ddos arquivos de audio usando um editor de audio apenas e reduzir a quantidade de amostra de bits na hora de salvar.
Eu não sabia que o RPG maker tinha limite de numero de mapas, mas... cara, pra que mais de 1000? kkkkk