Gostaria de visualizar como ficam os jogos na situação em que descreveu, no caso, com a janela de mensagens excedendo os limites da tela.
Bom, se estiver utilizando a resolução padrão do RPG Maker MV (816 x 624), ela é mais apropriada para os monitores mais antigos, em dimensão 4:3 aproximada para múltiplos de 48, por ser o tamanho dos tiles. Os smartphones, no entanto, possuem resoluções mais próximas de 16:9, ou widescreen. Jogos não são mais feitos tendo como alvo os monitores antigos, chega a ser meio que falho a resolução nativa do MV ser a mencionada, então o ideal seria mesmo usar um plugin que alterasse essa propriedade. O que conheço até o momento é o Core do Yanfly (googlando tu encontra fácil).
Porém, esse 'corte' no display deve estar acontecendo por tu usar um emulador, pois ao ser exibido em uma tela menor do que as dimensões em que fora desenvolvido, o projeto se escala para se ajustar dentro das dimensões disponíveis. Seria interessante, se possível, testar realmente em um aparelho para ver se o resultado é o mesmo.
