Essa opção não é recomendável caso você tenha adicionado sistemas extras ao seu projeto. Uma vez que ela reconhece apenas os arquivos utilizados na forma padrão do MV, irá excluir quaisquer arquivos extras, como imagens para menu, HUD e etc. Já no caso de arquivos que não estão sendo usados, provavelmente estão, mas você não percebeu. Verifique os plugins e até os sistemas por eventos - pode haver uma chamada para um arquivo que você mesmo excluiu. Enfim, se você incluiu sistemas adicionais no jogo o ideal é que exclua manualmente os arquivos não utilizados.