Sim, você deve fazer o mapa pelo Photoshop ou qualquer outro editor de imagens. No geral são duas imagens. O terreno, onde também se colocam metade inferiores de construções e objetos. A segunda é o nível superior, telhados e copas de árvores. Coisas que ficarão sobre o personagem. A passabilidade você ajusta pelo editor do RM mesmo,
Este é um dos plugins que podem ser utilizados para esse tipo de mapeamento.
A criação dos mapas em si é basicamente a mesma para qualquer RM, logo
este pode ser bem útil.
Nesta área você encontra vários tutoriais sobre o assunto.