O que acontece é o seguinte: somente uma Scene é exibida na tela de cada vez, sendo assim, ao chamar a Scene_Menu, a Scene_Map deixa de existir. Só que, antes de destruir a Scene_Map e começar a criação da Scene_Menu, é tirado um screenshot do mapa e armazenado. Quando a Scene_Menu é construída, ela seta uma imagem para essa screenshot salva. Ou seja, aquilo lá no fundo não é o mapa, é só uma imagem safada.
E para inibir essa imagem, geralmente desabilitamos a função que utiliza a screenshot salva. No caso deste plugin do Mog, ele não desativa ela, mas muda sua opacidade para 0. Creio que ele preferiu este modo para evitar sobrescrever uma função do código nativo e ocasionalmente provocar um incompatibilidade, inclusive, com outros plugins dele mesmo.
Procura pela linha 265 do código desse plugin. Aqui ela está assim:
if (this._backgroundSprite) {this._backgroundSprite.opacity = 0};
E comenta ela. Ela ficará assim:
//if (this._backgroundSprite) {this._backgroundSprite.opacity = 0};
E vê se resolve.