Esses arquivos provavelmente são usados por plugins.
No RPG Maker VX Ace, existe um script que joga na pasta do seu jogo todos os arquivos que você está usando do RTP, a única coisa que ele não faz é justamente a mesma coisa que o MV... ele não lê scripts/plugins e por isso se você tiver algum plugin que, por exemplo, use alguma imagem ou som que você não tenha importado, ele não irá importa-lo pro jogo.
A dica que dou: Depois que tiver feito a exportação, excluindo arquivos do RTP e tudo mais. Copie de dentro da pasta de imgsdo seu projeto a pasta System e a Pictures. (São as pastas que o povo mais usa pra por arquivos que são usados em plugins)
E depois cole na pasta do seu jogo exportado.
Quanto a músicas, não tem jeito x-x
Vai ter que verificar elas ;-;
Bem isso é só um começo pra resolver esse probleminha aí, a boa prática é ir importando tudo conforme for fazendo o jogo.
