Adicionar ou remover habilidades:
$game_actors[id].learn_skill(ID)
$game_actors[id].forget_skill(ID)
O RPG Maker não verifica quantas habilidades o jogador tem, apenas quais. Logo você pode perguntar diretamente se ele tem determinadas habilidades colocando uma condição dentro da outra ou usar uma variável para simular a quantidade. Para cada habilidade aprendida adicione 1 à variável e use a mesma na condição.