Isso acontece justamente porque uma parte da árvore está passável e a outra não. Tiles marcados com X tem a mesma prioridade de tiles de terreno, ou seja, abaixo do jogador. Para resolver deixe-a completamente marcada com estrelas, para proibir a passagem use a aba Direções (as setinhas) e desmarque todas as direções do tile em questão.