Na real o MP dos inimigos funciona do mesmo jeito que o dos personagens da party. Você define-o da mesma maneira que define o HP, a informação inclusive fica do lado de onde se define o HP. Quando essa quantia de MP acaba o inimigo fica impedido de usar habilidades que consumam MP até que o recupere de alguma maneira.
As duas maneiras apresentadas acima são os melhores caminhos para resolver sua questão, mas você pode querer também deixá-lo com o máximo de MP (9999), embora dessa forma, caso o jogador fique batalhando por muito tempo, o MP do inimigo irá acabar em algum momento.