Não consegui visualizar a imagem direito aqui, mas, de toda forma, vamos lá:
Como eu já disse
aqui, o VXAce possui apenas duas camadas disponíveis para o mapeamento.
Sabendo disso, você deve fazer de modo que a primeira camada (tiles da aba A) seja utilizada para compor o chão do mapa, enquanto a segunda (tiles das abas B, C, D e E) deve ser utilizada para colocar todos objetos que ficam acima do chão. Lembrando que em cada bloco/tile você só poderá colocar um tile de cada camada.
Cada tileset respeita uma regra pré-determinada pelo maker. Na aba A você deve colocar os autotiles e nas demais os tiles "comuns". Dê uma olhada nos templates de VXAce
deste tópico para você ter uma noção básica de como cada tile se comporta. Qualquer tile fora deste padrão definitivamente ficará bugado.