Existem dois tipos de embarcações na configuração padrão do RPG Maker: 1) o barco que se movimenta apenas em água rasa. Também por padrão é o tile de água mais claro. 2) Os navios se movimentam tanto na água rasa quanto na água profunda marcada pelo tile mais escuro. Veja os três tipos de veículos básicos na aba Sistemas do database. Se a embarcação que você está usando estiver configurada como Navio pode ser que alterar para Barco resolva.
Pela sua imagem - que não apareceu porque você usou o link errado, vide aquele tópico para detalhes - você está usando o barco. É certo que o problema esteja na configuração dos tiles, por algum motivo o terreno não deve ter sido configurado automaticamente ou você instalou o gráfico no campo errado. Vamos por partes: na tela de configuração dos tiles, certifique-se de que o terreno ocupa o campo A2 da primeira aba. Só isso deve ser o suficiente. Se der errado poste uma imagem da configuração dos tiles no seu database.