Sky chegou primeiro dessa vez. >.>
Pra ser honesto, nenhuma. Desde que os arquivos certos estejam configurados no database, você pode ter um charset chamado A, face chamado B e gráfico de batalha chamado C pra um único personagem. Claro, isso se não houver plugins que exijam nomes iguais para funcionarem. Quanto aos inimigos, você também não vai usar as duas pastas. sv_enemies e sv_actor são usadas apenas se você estiver usando a batalha lateral. sv_enemies, creio eu, apenas caso você tenha configurado gráficos animados para os monstros.
Só não sou muito assíduo no MV para poder te explicar direitinho como funciona a prioridade entre elas. :<