Comece alterando seu tópico pra explicar melhor o problema. Link é bom e todo mundo gosta.
Em que situação exatamente isso acontece e como você quer que fique? Dê um exemplo, de preferência com screenshots.
No mais, provavelmente a mudança deve ser feita em alguma classe Sprite_AlgumaCoisa. Deve ser Sprite_Character ou Sprite_Weapon, algo do gênero. Lá, você deve alterar a propriedade X e Y em que a arma é desenhada. Com o que você passou é só isso que eu consigo dizer x)