O caminho é esse mesmo, mas você altera somente o Window_MenuCommand. Por exemplo:
#--------------------------------------------------------------------------
# * Create Command List
#--------------------------------------------------------------------------
def make_command_list
add_main_commands
# add_formation_command
# add_original_commands
add_save_command
add_game_end_command
end
#--------------------------------------------------------------------------
# * Add Main Commands to List
#--------------------------------------------------------------------------
def add_main_commands
add_command(Vocab::item, :item, main_commands_enabled)
# add_command(Vocab::skill, :skill, main_commands_enabled)
# add_command(Vocab::equip, :equip, main_commands_enabled)
# add_command(Vocab::status, :status, main_commands_enabled)
end
Essas configurações começam na linha 33 do script, e colocando-se o '#' na frente destas linhas específicas restam apenas as opções que você quer.