Você não informou a engine, vou considerar que seja o Ace. Abra o editor de scripts, no Window_TitleCommand procure pelas seguintes linhas:
#--------------------------------------------------------------------------
# * Update Window Position
#--------------------------------------------------------------------------
def update_placement
self.x = (Graphics.width - width) / 2
self.y = (Graphics.height * 1.6 - height) / 2
end
Aqui é onde configura-se a posição da janela. Pra ficar como você quer troque a linha self.x = (Graphics.width - width) / 2 por:
self.x = (Graphics.width - width) - 16