Nenhum dos dois interfere nesse método. Apesar de o segundo permitir boas modificações, ele não afeta o SceneManager propriamente dito. Apenas esses plugins afetam o menu do jogo? E quanto às janelas em geral? Você também pode remover a linha, dá no mesmo. Porém, se der problemas futuramente você terá que colocá-la no lugar de novo.