Possível é, mas dá menos trabalho pixelar do zero. Primeiro, você teria que pixelar todos os frames de todas as peças em todas as cores. Isso considerando as peças que poderiam ser usadas juntas pro visual não ficar muito ruim. Terminada essa etapa, ao usar o gerador você não teria mudanças na pré-visualização. Ela continuaria considerando o personagem de 32x32 e pro editor não tem gambiarra que resolva.
Na teoria, você só estaria recriando os gráficos, então, sim, é possível. Mas nem um pouco viável.