[...] Mas de qualquer forma, acho que o primeiro ícone está vazio... Vou tentar achar na net aonde encontrei...
Aparentemente sim, ele está vazio, mas o arquivo ainda guardava informações de que aquele espaço estava colorido de preto. Isso pode ter sido causado durante o salvamento do arquivo pelo autor, do programa utilizado ou de uma tentativa de compactação, uma vez que o arquivo é bem grande.
Aliás, tu reparou no quão grande esse arquivo é sendo que 80% dele está vazio? Quanto maior uma imagem, maior seu peso, e quanto maior seu peso, mais recursos o RPG Maker gasta para carregá-la. Tomei a liberdade de remover o espaço vazio do iconset também, veja se agora funciona corretamente.