Olha, eu diria que mesmo usando plugin, tu não vai conseguir colocar nada naquela tela preta.
Isto porque o conteúdo que está em preto na janela esta fora da área de renderização, logo o jogo não consegue desenhar nada ali, aquela área simplesmente não existe para o jogo. Ao ordenar a execução do jogo clicando no EXE o programa foi criado para abrir uma nova janela e preenchê-la com a área de renderização do jogo. Ambas dimensões da janela e da área de renderização devem ser iguais para não haverem esses espaços pretos. Deixando essas dimensões diferentes, o programa não tem o que desenhar e deixará vazio, em preto. Pra exibir algo ali tu teria que alterar o software, o RPG Maker, para, além de desenhar o jogo, desenhar as coisas a mais que deseja, como acontece em emuladores, que além de desenhar a área de renderização do jogo, desenha menus que podem ser acessados também. Porém, alterar a engine fere os termos de uso do programa, portanto é proibido.
É o mesmo que acontece quando se vai jogar em um monitor ultrawide, com resolução 21:9, um jogo que não suporta esse formato de tela. O espaço excedente fica em preto,
como acontece em Monster Hunter World.
O que tu pode fazer, por meio de plugins, é programar a Scene_Base (que vai ser lida em todas Scenes) para desenhar esses controles nos cantos das telas e abaixo tampar de preto. E reescrever todas as outras Scenes para trabalharem somente no espaço restante, onde tu não desenhará os controles. Mas como falei, tu vai ter que reescrever todo o código rpg_scenes, e o que não reescrever terá que revisar ou editar para se adequar às mudanças, o que não é um trabalho bom além de eu, particularmente, achar totalmente desnecessário.
Na minha opinião primeiro tu deveria visar uma resolução comum a dispositivos móveis. 816x624 é mais próximo do formato 4:3, que caiu em desuso há uns... não sei, dez anos no mínimo, desde o lançamento dos monitores LCD e os primeiros smartphones. Eu recomendaria HD, 1280x720. Quanto à preocupação em o jogo pesar por ter que desenhar mais tiles, não serão dez ou vinte tiles a menos que vão salvar o desempenho do seu jogo. Se isso comprometer a estabilidade dele, pode ter certeza que qualquer transição de mapa, aparição de menu, janela ou imagem irá fazer o FPS dropar vertiginosamente no momento. É melhor tu ficar atento ao tamanho dos arquivos, pois eles vão ditar a memória necessária, e a quantidade de sistemas e eventos no mapa, pois estes ditarão o processamento. Quanto aos controles, tu sabendo que eles ocuparão espaço na tela, cabe a tu desenvolver o jogo sabendo que certos lugares da tela ficarão ocultas pela mão do jogador, tome cuidado de não mostrar nada importante debaixo da mão dele.