Pelo pouco que aprendi do MV, esse quadrado preto tá parecendo que é o sprite do "status" do inimigo.
Tipo, quando eles estão envenenados, paralisados, etc, aparece um ícone logo acima, não é? Confere se tem algum sprite pra status "normal" e se a cor de fundo é preta. Você provavelmente vai ter que configurar a cor de fundo para o preto (a cor de fundo fica transparente nos sprites dentro do jogo).