A janela do menu principal, assim como as outras janelas de menu, é criada por um script. No caso da janela do menu principal é o código Window_MenuCommand. Vasculhando esse código tu encontrará vários comandos add_command, que é o método que cria um comando na janela. Basta comentar essa linha adicionando # no início dela que o comando não aparecerá. Por exemplo, mudar:
add_command(Vocab::item, :item, main_commands_enabled)
Para:
#add_command(Vocab::item, :item, main_commands_enabled)
E o comando Item não será exibido.