Qual a versão do programa você está usando? Se não me engano, o primeiro ponto era um bug mesmo. O segundo ponto, sobre arquivos de plug-ins, ele não tem como incluir já que não sabe qual arquivo está sendo usado em qual plugin. Sugestões:
Crie um mapa secreto onde existem eventos que usem, de fato, os arquivos. Se forem imagens e/ou arquivos de áudio deve resolver, pois passarão a ser reconhecidos. Acho. Você também pode exportar normalmente e incluir os arquivos que faltarem depois, manualmente.
